El proceso de fermentación se realiza en bodegas casi herméticas, consiste en agrupar los manojos de tabaco de forma proporcionada, ordenada y compacta, en montones llamados trojas, para ello se requieren cantidades de tabaco que van de mil a diez mil kilogramos; tal cantidad, de manera natural, por la propia humedad y compresión de las hojas, hace que estas eleven su temperatura, exuden y eliminen el exceso de resinas, nitrógeno y nicotina, es así como se van fermentando. Tal proceso se repite de cinco a seis veces, el cual consiste en cambiar de lugar la troja y de posición las hojas para que en un lapso de entre cincuenta y cinco a sesenta días, la temperatura en el interior de la troja se estabilice, lo que favorece que el tabaco quede totalmente fermentado, adquiriendo así, aromas refinados, color homogéneo, sabor exclusivo y calidad especial.
El arte de fermentar el tabaco en rama consiste en saber rotar la posición de los manojos de tabaco en el interior de la troja, cada vez que ésta se mueve de lugar. Dicha rotación estriba en que los manojos o matules ocupen lugares diferentes en los diferentes niveles y espacios que forman la troja, para que de este modo, de forma ordenada y proporcional, el tabaco pueda someterse a las temperaturas que la troja guarda en su interior, y así las hojas se puedan fermentar de modo homogéneo.
